荆州区于1994年10月由原江陵县析置。建区之初，全区辖原江陵县的荆州、川店、马山、李埠、弥市5个镇和八岭山、纪南2个乡。

    1995年2月，经上级批准，撤销荆州镇，以其区域分设东城、西城、城南、荆北4个街道办事处，其中的城南街道办事处挂荆州城南经济技术开发区的牌子，实行两块牌子，一套班子合署办公。1995年8月和12月，经上级批准，纪南、八岭山2乡先后撤乡建镇。1998年6月，经上级批准，荆北街道办事处改建为郢城镇。

    2004年9月全省进行农场管理体制改革，将菱角湖和太湖港两个农场划归荆州区管理。

    2014年7月为加快文化旅游产业发展，经上级批准，按照“区划不变、委托管理”原则，荆州区纪南镇及所辖的董场村、九店村、枣林等18个村和1个居委会，郢城镇的海湖村、彭湖村、黄山村、高路村、岳山村、郢城村、郢北村共7个行政村，总人口5.8万人，由荆州纪南生态文化旅游区管委会托管。目前，全区辖川店、马山、纪南、八岭山、李埠、弥市、郢城7个镇，东城、西城2个街道办事处，太湖港、菱角湖2个农场管理区以及湖北省荆州城南经济开发区。各镇（街办）共辖121个村民委员会和36个居民居委会以及9个农场大队。全区国土面积1046平方公里。